金萬林生物資訊服務

在做NGS分析的您，想必會需要一個好用的視覺化工具吧。Genome Browser/ viewer琳瑯滿目，你會想到哪一個？UCSC Genome Browser? Integrative Genomics Viewer (IGV)? 或是今天要為大家介紹的 Golden Helix GenomeBrowse 2.0。 從初版到現今的一年半以來，Golden Helix 致力於給研究人員的一款操作簡單、功能很強大的視覺化工具──── GenomeBrowse。GenomeBrowse 整合了alignment data、variant calling data、及annotation track，讓您可以對感興趣的位點或基因，同步檢視coverage、read mapping情形，以及相關的基因註解資訊。最新版本2.0中，依然免費提供大家使用，且支援更多的格式，包含了BAM、BED、WIG、 VCF、....等，同時新增了Data Conversion Wizard功能，令使用者能夠使用自製參考序列(add custom genome reference sequences)，大大的增加了Genome Browser的自由度。更多詳情請看：http://blog.goldenhelix.com/?p=2308#more-2308

恭喜敝公司的產品線Molecular Device IXM High Content Screening System (http://tinyurl.com/otd8j9m) 的客戶 陳惠文副教授等人的研究榮登Nature Comminications期刊！("Cancer-associated fibroblasts regulate the plasticity of lung cancer stemness via paracrine signalling", http://tinyurl.com/o8gjk4y)

近年來的研究發現，腫瘤並非由單一種癌細胞組成，其中存在著一群具有許多類似幹細胞特性的癌細胞，稱之為癌幹細胞(cancer stem cells，CSCs)；被認為是造成癌症發生與腫瘤惡化的主因。

國立台灣大學由楊泮池校長和醫學院陳惠文副教授的團隊，從2009年起進行肺癌幹細胞一系列的研究，最重要的一部份是針對肺癌幹細胞身處之微環境進行分析研究，此研究團隊發現，腫瘤的微環境中的癌相關纖維母細胞 (cancer-associated fibroblasts，CAFs)，透過旁泌素(paracrine)機制以維持癌幹細胞特性及促進癌幹細胞生長(其中最重要的是IGF- II/IGF1R/Nanog的調控訊息傳遞路徑)。

根據這個觀念所建立的肺癌幹細胞體外培養模式(CSC/CAF co-culture system)，有助於提供足夠的肺癌幹細胞進行基因體與蛋白質體相關分析，以找尋肺癌幹細胞之專一性分子標記；並且，以此模式配合高通量影像分析，可應 用於針對癌幹細胞及其利基(niche)篩選新穎的抗癌藥物。(http://host.cc.ntu.edu.tw/sec/schinfo/schinfo_asp/ShowContent.asp?num=1174&sn=12383)

想了解母胎醫學領域的新成果和新技術嗎？第十屆亞洲及太平洋地區母胎醫學大會將於2014年8月22-24日在新加坡召開，會議中請來了多名國際知名專家分享他們的專業知識與經驗，歡迎有興趣的專家、學者、朋友們一銅參加。更多詳情可上大會網頁：http://www.fetalmedicine.hk/en/apcmfm/apcmfm.asp?scr=1024

一個程式的準確度、時間複雜度、以及空間複雜度和他的演算法息息相關。
對於次世代定序的分析程式也是如此，如何達到精準的運算、如何有效的運用資源，都和程式的演算法有關。
Golden Helix公司將對short read alignment algorithm、high-throughput sequencing data、分析軟體進行精簡的介紹。
對次世代定序演算法有興趣的人千萬不要錯過了！
時間：2014/4/17(四) 0:00-1:00 AM
報名網址：https://www2.gotomeeting.com/register/585318994

擔心PCR升降溫不如標示?
擔心overshoot使得PCR儀器溫度不穩?
Applied Biosystems身為PCR的領導者
提供您實測報告
藉由block overshoot的加熱方式
以精確的溫控機制
有效地進行能量轉移
提供效果最佳的升降溫速度
同時維持最佳升降溫速度的範圍為業界最廣
滿足您最嚴格的實驗需求
相關文獻：https://drive.google.com/file/d/0B8ZKnrteu6i1YVhzai04M2p2UzQ/edit?usp=sharing

Life台灣區的總經理青山さん(青山倫也先生)光榮離開台灣！
金萬林企業於這禮拜三(2014/3/21(三))晚上，於台中舉辦青山さん的歡送晚會，
感謝當天所有參與的貴賓，也感謝Life公司贊助一台Step One免費升級成Step One Plus的機會，並由青山さん親自抽出此幸運得主！
豐盛的佳餚、配上當場既歡樂又不捨的氣氛，當天真是賓主盡歡。
最後，感謝青山さん的貢獻，很高興這段期間與您的合作。 — at 僑園大飯店.
ありがとうございます！   

金萬林於2/27在中國醫藥大學舉行Perkin Elmer(PE) product introduction seminar，大家看起來都很認真，想必大家對PE的產品都能有更深入的瞭解。

更多活動花絮請看:http://kimforestics.pixnet.net/album/set/4831797

或可上粉絲專業查看更多最新消息：https://www.facebook.com/pages/Kim-Forest-%E9%87%91%E8%90%AC%E6%9E%97/470281689659084

週末兩天的生醫年會巡禮，想必大家都是滿載而歸，雙手滿滿吧。對於這次的活動大家是否意猶未盡呢？活動花絮、精采回顧盡在金萬林。 更多詳情請看 : http://kimforestics.pixnet.net/album/set/4821471

還在土法煉鋼進行藥物研究嗎？

有了API(Active pharmaceutical ingredient，中文譯為「原料藥」、「活性藥物成份」) 卻不知道如何分析？抑或是分析進度緩慢？

Freeslate CM Protégé Systems 提供您一條藥物製劑的捷徑。

同一物質具有兩種或兩種以上的空間排列和晶格常數(lattice constant)，形成多種晶型的現象稱為多晶型現象(Polymorphism)(http://www.twwiki.com/wiki/藥物晶型)。相同成分的藥物因其結晶形狀的不同，會造成藥物在服用後溶解及吸收程度的不同；

Freeslate 提供了相應的分析系統，從preformulation到formulation，不管是晶型分析、生物製劑開發，提供您高通量自動化的分析平台，搭配分析軟體LEA (Lab Execution and Analysis)，同時可整合Birefringence、XRPD、Raman的分析結果，讓您可以快速一目瞭然分析結果。

使用Freeslate CM Protégé Systems不僅幫您省去了繁瑣冗長的實驗過程，讓您專注於實驗設計的部分，加快藥物開發進度，更可幫您減少人為操作的變異因素。

更多詳情請看Freeslate 官方網站：http://www.freeslate.com/products-services/cm-protege-systems

金萬林將於2014生醫年會活動現場舉行按讚打卡送好禮活動，凡是活動期間(3/15(六) - 3/16(日)) 到生醫年會金萬林攤位，登入Facebook金萬林粉絲團按讚並打卡，就可得到精美小禮品一份，還在等什麼呢，這個週末就到2014生醫年會拿好禮吧！

捷報！！
金萬林跟您介紹的GE ÄKTA start蛋白質純化儀器，
榮獲 "SelectScience Scientist's Choice Award for the Best New Separations Product of 2013"!
ÄKTA™ start Features:
1.Intuitive touchscreen display and real-time monitoring.
2.Compact solution for quick and reliable one-step protein purification.
3.Quick start methods and templates for common purification techniques.
4.Sample injection and fraction collection options.
新聞連結：http://tinyurl.com/k498jkc
ÄKTA™ start 介紹連結：http://www.selectscience.net/products/kta-start/?prodID=195248#

想要擁有一台輕巧的蛋白質純化工具嗎？

GE Healthcare Life Sciences最新推出一款ÄKTA start機器，

是ÄKTA系列最便宜輕巧的機種，可放置於實驗桌上或是冰箱裡面。

除此之外，UV光源採用LED燈、擁有過壓保護、以及可以用UNICORN start軟體設定單峰收集，都是ÄKTA start的優點！

讓您在有限的空間和預算下進行蛋白質純化！

心動了嗎？請點選ÄKTA start的官方網站和以下的影片吧！

官方網站：https://promo.gelifesciences.com/gl/AKTA-START/home.html

影片連結：https://www.youtube.com/watch?v=jDVhiakXErk

2014 MD高通量細胞影像講座要來了!!! 金萬林將於中研院與成功大學舉辦一系列高通量細胞影像講座，其中也請到了Molecular Devices大中華區的產品經理 周旋，為我們介紹High Content Imaging system的最新應用，機會難得，若有興趣請先上網報名。

報名網址: http://ppt.cc/jq~Q  (中研院場)

              http://ppt.cc/Vb50  (成大場)

一年一度的生醫年會又來了！今年於3/15(六) - 3/16(日)於國防醫學院舉行！
我們在現場將準備NanoVue Plus的展示、
還有玩戳戳樂送大獎的活動，都是生活上或實驗上實用的小禮品!
像是雷射觸控筆、耳機分享手機座、防爆夾、96孔管操作架等等禮品！
從三樓大門進來，請到左手邊B03的攤位!
一定要來喔!!
http://www.jacbs.org.tw/content/about/about05.aspx

經過DicoveRx這兩週來對於『基於β-Arrestin 的 GPCR 激活檢測方法以及GPCR藥物研發前景』的介紹，

相信大家一定對這方面的議題有更進一步的了解！

聽到重要的內容卻來不及做筆記嗎？

沒關係，小編已經將DicoveRx提供的講義放到網路上了！

有興趣的人請到此網址下載：

https://drive.google.com/file/d/0B8ZKnrteu6i1WnV0Ynl1djJOTk0/edit?usp=sharing

本週五(2/14)上午9:00，DiscoveRx原廠將舉辦網路講座，主題為: 基於β-Arrestin的GPCR激活檢測方法以及GPCR藥物研發前景

下列為報名網址:

http://www.discoverx.com/tools-resources/webinars/chinese-gpcr-webinar-b-arrestin-signaling-the-path

本次講座將全程以中文進行，機會難得，若有興趣請先上網報名。

課程時間約60分鐘，若有疑問也可在講座後於網路上直接發問。  

[客製化分析]

[客製化分析]

這是一個生物資訊的方法來看幹細胞研究者誘導所得的幹細胞其基因profile是否接近真實的多能幹細胞?屬於進階生次資訊分析,且僅限於illumina array

請洽金萬林生資服務金小刀小組: (02)27902222

email: kimforestics@gmail.com

[客製化分析]

WGCNA為UCLA教授Steve Horvath所發明,可以在一大群的基因表現內抓到一同表現的若干module,而且可以跟表型(trait)做association分析,屬於microarray的進階分析

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